В 1940 году Вениамин Нестеров поступил в Московский архитектурный институт (МАРХИ), но вскоре учёбу прервала Великая Отечественная война. Бывший студент стал гвардейским миномётчиком, проходил службу в Забайкалье, учился на командира. С 1944 года воевал на 1-м Украинском фронте, был начальником разведки дивизиона одного из соединений. С боями прошёл Польшу и Германию, за что был награждён орденом Отечественной войны I степени, орденами ПНР и медалями[2].
В 1946 году вернулся на второй курс МАРХИ[2]. В 1948 году вступил в КПСС. В 1952 году окончил МАРХИ, защитив дипломный проект на тему «Музей Москвы» (руководитель Б. С. Мезенцев)[2].
Член КПСС с 1948 года. В 1960 году был избран секретарём парткома Моспроекта[2]. В 1965 году был избран председателем правления Московской организации Союза архитекторов[5][6]. Член секретариата Союза архитекторов СССР[2].