Охраняемая территория парка включает различные природные зоны от саванны и заболоченных земель до берегов реки и пойменных лесов. На его территории преобладает водная поверхность — парк включает 250 км озёрных берегов[4].
В 1979 году парк был превращён в биосферный заповедник с целью объединить усилия с населением для защиты дикой природы. На его территории расположены несколько рыболовецких деревень, в которых проживают представители нескольких этнических групп — баянкоры, бакира и баторо. Национальный парк разделён на четыре сектора: канал Казинга, Чамбура, Ишаша или южный сектор парка и лес Марамагамбо[4].
История
В 1925 году для того, чтобы остановить нанесение ущерба сельскому хозяйству, был создан департамент по контролю за слонами, главной задачей которого было держать их в определённых границах. По прошествии нескольких лет были созданы несколько заповедников, резерватов и национальных парков. В 1925 году через границу с Конгобельгийскими колониальными властями был основан национальный парк Вирунга, в конце 1920-х — начале 1930-х годов был основан заповедник в Уганде с целью защиты её экосистемы. После этого границы и наименования географических объектов неоднократно менялись до 1952 года, когда появился Национальный парк королевы Елизаветы в современных границах[4].
Дикая природа парка сильно пострадала от браконьерства, так, например, количество слонов в результате истребления уменьшилось с 3500 единиц в 1963 году до 200 в 1992 году. Однако в дальнейшем государство приняло меры по защите фауны, благодаря чему число животных восстановилось[4].
Согласно последнему официальному подсчёту количество птиц в Национальном парке королевы Елизаветы составило 611 видов, что является самым высоким показателем среди всех национальных парков мира. В 1997 году была открыта станция для наблюдения за местными и мигрирующими птицами, в особенности за ежегодной миграцией птиц через долину Альбертин-Рифт[4].