Родилась в семье польского инженера путей сообщения Александра Налепинского и француженки с девичьей фамилией Рьор. Окончила Художественную школу Я. Ционглинского в Петербурге. Затем в 1908 году училась живописи в Мюнхенской художественной школе Ш. Голлоши, а в 1909 году — в Академии Рансона в Париже. Там же в Париже вышла замуж за художника Михаила Бойчука. Развелись с мужем в 1929 году.
В 1919 году преподавала в художественной школе в Миргороде. С 1922 года по 1929 год преподавала в Киевском художественном институте, где на полиграфическом факультете она возглавляла ксилографическую мастерскую.
Среди её учеников — Екатерина Гаккебуш, Александр Яковлевич Рубан (1900—1943, репрессирован), Галина Денисовна Зоря (1915—2002), Надежда Дмитриевна Компаниец-Киянченко (1913—2003), Константин Степанович Козловский.
София Александровна вела педагогическую деятельность, а также много работала в станковой графике, иллюстрировала книги, в частности, Т. Шевченко («Катерина»), Д.Н.Мамина-Сибиряка («Приемыш»), Л.Н.Толстого («Анна Каренина») и др.
Создавала модели бумажных денег и государственных ценных бумаг (в период УНР — с 1917 по 1921 гг.). Эти модели экспонировались в 1932 году на Выставке современной украинской графики Ассоциации независимых украинских искусств во Львове, но никогда не использовались.
Арестована 12 июня 1937 года по фальшивому обвинению в участии в антисоветской националистической террористической организации и сотрудничестве с иностранной разведкой. Расстреляна 11 декабря 1937 года. Посмертно реабилитирована в 1988 году.
В 1996 году имя С.А.Налепинской-Бойчук было обозначено среди сорока имен на Монументе репрессированных художников Национальной академии искусств (Киев, Вознесенский спуск, 20). Инициатором сооружения памятного знака выступил Союз художников Украины.
Семья
Муж — Михаил Бойчук — художник-монументалист и живописец, педагог. Один из основоположников монументального искусства Украины XX столетия. Репрессирован и расстрелян.