Фёдор Михайлович Надеждин родился 13 апреля 1813 года в селе Санино (ныне — в Суздальском районе Владимирской области) в семье священника Михаила Ивановича Санинского, в 1814 году переведённого в село Сельцо .
Окончил Суздальское духовное училище, Владимирскую семинарию и Санкт-Петербургскую духовную академию в 1837 году магистром. В семинарии по традиции присвоена новая фамилия Надеждин (очевидно, подавал большие надежды академическими успехами) вместо Санинский, присвоенной отцу по названию прихода деревни Санино. С 18 сентября 1837 года преподаватель философских наук Владимирской духовной семинарии, в 1839 году «исправляющий должность» (исполняющий обязанности) профессора(древне)еврейского языка, с 1 мая по 15 сентября 1842 года исправляющий должность профессора логики, психологии, «чтения святых отец», (древне)греческого и латинского языков Владимирской духовной семинарии.