Творчество Муке находится на стыке позднеромантической и импрессионистической традиций, будучи в то же время не чуждо и неоклассических веяний (в частности, его постоянное обращение к античным мотивам прочитывается как жест фронды по отношению к вагнерианскому культу скандинавского эпоса). Ему принадлежат симфонические поэмы «Диана и Эндимион» и «Персей и Андромеда», различные камерные сочинения, среди которых много произведений для различных духовых инструментов. Наибольшей известностью пользуется соната для флейты и фортепиано «Флейта Пана» (фр.La Flûte de Pan) Op. 15 (1906), записанная, в частности, Джеймсом Голуэем.
