Команда основана в 2002 году, а спустя два года получила право сыграть в чемпионате Италии по пляжному футболу. На первых двух турнирах в 2004 и 2005 году «Милану» не удалось преодолеть групповой этап. Приглашение швейцарца Мейер и испанцев Альварадо и Амарелле способствовало первым успехам команды в 2006 году, когда «Милан» сделал золотой дубль, выиграв чемпионат и кубок[1].
Впоследствии «Милан» становился чемпионом Италии в 2007, 2010 и 2013 годах[2], обладателем Кубка Италии в 2007, 2009 и 2010 годах[3], а также побежал в Суперкубке Италии 2010 года[4].
«Милан» был приглашён на первый розыгрыш Клубного Мундиалито 2011 года, который состоялся в Бразилии. Итальянцы сумели выйти из группы, но в 1/4 финала уступили московскому «Локомотиву» (2:7). На Мундиалито 2012 и 2013 годов «Милану» не удавалось пройти групповой этап. Команда также дважды участвовала в Кубке европейских чемпионов в 2014 и 2015 годах. На дебютном для себя турнире «Милан» вышел в финал, где уступил российскому «Кристаллу» (0:2)[5]. Во втором розыгрыше команда выбыла на стадии 1/8 финала[6].
В январе 2013 года «Милан» во время Кубка Азии провёл выставочный матч против «Барселоны», завершившийся победой испанцев со счётом 6:2[7]. В 2014 году «Милан» принял участие в Кубке Стамбула, где занял третье место[8], а в следующем году — четвёртое[9].
Лучшими бомбардирами чемпионата Италии в составе «Милана» становились Амарелле (2006), Маджер (2008) и Бокинья (2013). Лучшим игроками чемпионата признавались Дидье Самун (2007) и Эудин (2014)[10]. В 2012 году за «Милан» выступал известный по выступлениям за футбольный клуб «Милан» вратарь Дида[11].