С 1923 по 1924 год служил секретарём Афинской архиепископии[1].
С 1935 по 1938 годы был в должности профессора церковного училища в Афинах, а с 1936 по 1938 годы — настоятелем столичного университетского храма. Хорошо зная подростков и студентов, Мефодий стремился сохранить их естественный патриотизм, связав его с высоконравственным, церковным пониманием долга перед Родиной[2].
К 1940 году опубликовал семь книг по богословию, церковной истории, о патриотизме и образовании[2].
С 1941 года Керкира и соседние греческие острова были присоединены к Италии и на долю митрополита Мефодия выпала борьба с католической пропагандой, сначала — итальянской, затем, с 1943 года — немецкой[2].
В 1945 году митрополит Мефодий возглавил Первый всегреческий съезд национальных прав.
В 1952 году совершил поездку в Югославию, в 1955 году — в Иерусалим. Был награждён югославским государственным и иерусалимским церковным орденами[2].
13 декабря 1960 года митрополит Мефодий направил открытое письмо патриарху Константинопольскому Афинагору с критикой его действий. Мефодий разослал через посольства Предстоятелям Поместных православных церквей копии письма, а ещё одну — вмешивавшемуся в церковные дела министру просвещения и вероисповеданий в правительстве Караманлиса Георгиосу Вогиадзису.
Пришедший к власти внепартийный кабинет премьера-банкира Иоанниса Параскевопулоса объявил 24 января 1967 года об отстранении ряда митрополитов, в том числе и Мефодия[1]. Однако митрополит обжаловал распоряжение властей в Государственном Совете. Затем кабинет Параскевопулоса ушёл, и на пару недель промелькнуло правительство умеренно правых.
10 мая 1967 года хунта издала «чрезвычайный закон» о предельном возрасте для Архиепископа Афинского и митрополитов — 80 лет, после чего митрополит Мефодий вынужден был уйти в отставку.
