После смерти Луиша де Атаи́де, графа де Атоугия, в марте 1581 года[2] (ошибочно датируемой в некоторых источниках 10 марта 1580 года) Фернан Телеш де Менезеш сменил его на ответственном посту, став 30-м и последним губернатором Португальской Индии, назначенным португальской короной из Лиссабона до испанского владычества[3], то есть регентским советом после смерти Энрике[4]. В отличие от своего предшественника, намеревавшегося с оружием в руках отстаивать права португальцев на королевство, Менезеш признал справедливой и законной передачу власти Филиппу II Испанскому[2], ставшему также королём Филиппом I Португальским. Губернатор Индии управлял огромными португальскими владениями на Востоке 6 месяцев, стал четвёртым представителем славного рода де Менезеш (Менезешей) на данном ответственном посту и передал свои полномочия Франсишку де Машкареняшу[порт.], 14-му вице-королю Португальской Индии, но первому назначенному Филиппом I Португальским вице-королю[5]. Передача власти состоялась в сентябре 1581 года[2].
После возвращения из Индии был назначен генерал-губернатором королевства Алгарве[6], затем занимал ряд других ответственных должностей: командующего консульской армадой, государственного советника[2], председателя совета Индии, главой Верховного трибунала королевства Португалия (порт.Casa da Suplicação), и прочих[1]. Менезеш был тесно связан с иезуитами. В Индии выделял средства для поддержания их миссионерской деятельности[2].
Умер в Лиссабоне 26 ноября 1605 года[1][2], не оставив наследников[7].
Faria e Sousa M. de.Parte III. Capitvlo XX // Ásia portuguesa : [исп.] : en III v. / Manuel de Faria e Sousa. — Lisboa : Antonio Craesbeeck de Mello, 1674. — Vol. II. — P. 638—649. — 970 p.
Peteira E., Rodriques G.Telles de Menezes (Fernão) // Portugal : diccionario historico, chorographico, heraldico, biographico, bibliographico, numismatico e artistico : [порт.] : in VII vol. / Peteira, Esteves & Rodriques, Guilherme. — Lisboa : J. Romano Torres, 1915. — Vol. VII : T—Z. — P. 93. — 735 p.