Мария Анна была обещана в жены своему кузену, королю Португалии Жуану V. Мать жениха, Мария София приходилась родной сестрой матери невесты, императрице Элеоноре. В соответствии с этикетом того времени, король направил многочисленное посольство во главе с графом Фераньо Телес да Силва в столицу Империи. 6 июня 1708 года в Соборе Святого Стефана был заключен брак по доверенности.
В Лиссабон Мария Анна прибыла в сопровождении армады из 18 кораблей. 27 октября того же года состоялась официальная церемония бракосочетания, сопровождаемая пышными празднествами на улицах города.
Очень скоро королева осознала, что при португальском дворе внешний лоск и красота ценятся гораздо больше внутреннего содержания, к чему она привыкла в родной Вене. Король и после свадьбы не прекращал свои любовные связи на стороне. Королеве, бывшей на шесть лет старше супруга, приходилось с этим мириться, возможно, её терпение к неверности мужа сделало их брак внешне счастливым. У королевской четы было шесть детей:
В 1742 году Марии Анне пришлось взять управление страной на себя после сердечного приступа у её мужа, после которого тот остался частично парализованным. Когда 31 июля 1750 года Жуан V умер, она передала бразды правления своему старшему сыну, ставшему королём Жозе I.
Кончина
Королева-мать (титул, который она носила после смерти мужа) умерла 14 августа 1754 года в Беленском дворце и была похоронена в монастыре Святого Иоанна Непомуцена, ею самой основанном, а сердце королевы было переправлено в Вену, где оно хранится в родовой усыпальнице Габсбургов. В 1855 году по приказу короля-регента Фердинанда II её тело было перенесено в пантеон династии Браганса в монастыре Сан-Висенте-де-Фора. А гробница, в которой её тело покоилось в монастыре Святого Иоанна Непомуцена, была перенесена в Археологический музей Карму в Лиссабоне.
Генеалогия
Мария Анна Австрийская (королева Португалии) — предки
Карл II(1540 — 1590) эрцгерцог Австрии; правитель Внутренней Австрии
Фердинанд II(1578 — 1637) эрцгерцог Австрии; король Чехии; император Священной Римской империи
Мария Анна Баварская(1551 — 1608) эрцгерцогиня Австрии; правительница Внутренней Австрии
Фердинанд III(1608 — 1657) император Священной Римской империи