Родился в многодетной бедной семье браковщика леса. В 1916 году после смерти отца уехал в Петербург, где устроился учеником в ремесленную мастерскую живописца Кюна, находившуюся на Невском проспекте. Работал за кров и питание, постепенно осваивая ремесло. Вечерами начал посещать рисовальные классы Общества поощрения художеств. Занимался у В. А. Плотникова, В. И. Навозова, Н. П. Химоны, пройдя за один год программу четырёх классов.
После окончания института включился в творческую и общественную работу, которая становится неотъемлемой частью его творческой биографии. В 1926—1932 годах он был членом ленинградских объединений «Круг художников» и «Октябрь». В 1931—1933 годах он возглавляет горком ИЗО профессионального союза работников искусств, в 1932—1936 годах избирается депутатом Совета трудящихся Октябрьского района Ленинграда, с 1933 года постоянно избирается в руководящие органы Ленинградского отделения Союза художников РСФСР.
В своих работах неоднократно обращается к остросоциальным, общественнозначимым темам. Но главное в его творческом наследии — это портреты современников: учёных, художников, рабочих и работниц новой страны. Иногда поэтичный, иногда обыденный и приземлённый образ современника, созданный художником, расширяет наши представления об эстетическом идеале искусства 1930—1960-х годов, донося важные, существенные интонации и настроения своего времени. В людях, в их облике, характере отражались перемены, которые принесла с собой Революция и Советская власть, — и это стало основной темой, красной нитью проходящей через всё творчество художника[4]. Писал также пейзажи и натюрморты[5].
Среди созданных Малагисом произведений картины «Траурный натюрморт»[5] (1924), «Портрет художника Е. И. Чарушина»[6] (1950), «Портрет председателя колхоза „Большевик“ Л. Ф. Бровко»[7] (1951), «М. И. Калинин в рабочем кружке» (1954), «Призыв В. И. Ленина о помощи Восточному фронту» (1956), «Портрет искусствоведа В. Я. Бродского», «Портрет А. Ф. Цыгановой»[8] (обе 1964), «Портрет колхозника В. Н. Некрасова» (1967), «Ветеран революции А. И. Эрикайнен» (1969), «Портрет геолога А. Ф. Семёнова» (1971)[9], «Портрет старого большевика П. В. Тимофеева», «Студентка ленинградской консерватории Е. Н. Никольская»[10] (обе 1972) и другие. В 1945—1948 годах художник преподавал в Ленинградском институте живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина в мастерской Михаила Авилова. В 1971 году ему было присвоено почётное звание Заслуженный художник Российской Федерации[5].
Жена — Евгения Байкова.
Скончался в Ленинграде в 1974 году. Похоронен на кладбище Санкт-Петербургского крематория.
↑Юбилейный Справочник выпускников Санкт-Петербургского академического института живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина Российской Академии художеств. 1915—2005. — СПб.: Первоцвет, 2007. — С. 20.
↑Заслуженный художник РСФСР Владимир Ильич Малагис. 1902—1974. Каталог. Выставки. — Л.: Художник РСФСР, 1977. — С. 4.
↑ 123Живопись 20-30-х годов.— СПб.: Художник РСФСР, 1991. — С. 133.
↑Выставка произведений ленинградских художников 1951 года. Каталог. — М.—Л.: Искусство, 1951. — С. 19.
↑Выставка произведений ленинградских художников 1951 года. Каталог. — Л.: ЛССХ, 1951. — С. 14.
↑Ленинград. Зональная выставка. — Л.: Художник РСФСР, 1965. — С. 32.
Заслуженный художник РСФСР Владимир Ильич Малагис. 1902—1974. Каталог. Выставки. — Л: Художник РСФСР, 1977.
Живопись 20-30-х годов. — СПб.: Художник РСФСР, 1991. — С. 133.
Иванов С. Неизвестный соцреализм. Ленинградская школа. — СПб.: НП-Принт, 2007. — С. 24, 356, 382, 383, 386—389, 396, 398—400, 443. — ISBN 5-901724-21-6, ISBN 978-5-901724-21-7.
Юбилейный Справочник выпускников Санкт-Петербургского академического института живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина Российской Академии художеств. 1915—2005. — СПб.: Первоцвет, 2007. — С. 20.
Боровский А. В. Малагис. — Л.: Художник РСФСР, 1987.
Боровский А. Искусство периода блокады как историко-художественная проблема // Музей. — Вып. 8. — Сов. художник, 1987.
Боровский А. В. Малагис и «Круг художников» // Сов. живопись. — Вып. 9. — М.: Сов. художник, 1987.