Родился в бедной армянской семье. В 1878 году был принят в Академию художеств в Петербурге вольнослушателем. Окончил Академию в 1892 году. Во время обучения получил сначала малую, а затем большую серебряную медаль. После окончания три года жил в Феодосии, работая в мастерской Ивана Айвазовского. В 1895 году переехал в Симферополь, где и жил до смерти в 1908 году.
При мастерской Магдесян открыл для публики картинную галерею, в которую входили как картины его авторства, так и подаренные ему работы других художников. Галерея стала первым публичным художественным музеем Симферополя.
Большая часть картин художника содержалась в Симферопольском художественном музее и погибла в 1941 году при эвакуации. По всей территории бывшего СССР сохранилось лишь несколько десятков картин, многие из которых находятся в частных собраниях.
Источники
Л. М. Магдесян, Б. А. Зурабов. Эммануил Магдесян. — М.: Изобразительное искусство, 1987. — 143 с.
Шестимиров А. А. Эммануил Магдесян: поиски собственного стиля. Журнал «Филокартия», № 4(64), 2019. — с. 25-29.