30 июля1797 года Иоганн Кёлле скончался. Вскоре после смерти Кёлле его вдова продала гербарий, состоявший из порядка 3000 образцов растений. Его нынешнее местонахождение не установлено.
В 1798 году вышла книга Кёлле Flora des Fürstenthumes Bayreuth, оконченная и отредактированная байройтским библиотекарем Теодором Кристианом Элльродтом (1767—1804).
Некоторые научные работы
Koelle, I.L.C. Spicilegium observationum de Aconito. — Erlangae: Typis Adolphii Ernesti Iunge, 1787. — 60 p.
Koelle, I.L.C. Flora des Fürstenthumes Bayreuth / bearbeitet und herausgegeben von T.C. Ellrodt. — Bayreuth, 1798. — xiv + 354 p.