Деревня была основана в 1816 году и на тот момент состояла из двух дворов с 20 жителями. Название получила по имени первопоселенца Кустугула Исергапова. В документах XIX века встречалось различное название деревни: Кустугулово, Кустигулово, Кучугулово, Кушугулово. К 1834 году население деревни составляло 41 человек, из них 19 мужчин и 22 женщины.
В 1859 году в 9 дворах проживало 55 человек, 27 мужчин и 28 женщин. В 1920 году население Кустугулова составляло 106 человек, 47 мужчин и 59 женщин.
Основными занятиями жителей деревни являлось скотоводство, пчеловодство, земледелие.
↑Административно-территориальное устройство Республики Башкортостан: Справочник / Сост. Р. Ф. Хабиров. — Уфа: Белая Река, 2007. — 416 с. — 10 000 экз. — ISBN 978-5-87691-038-7.