Правителем княжества Кубота был самурайский род Сатакэ, тодзама. Главная резиденция находилась в замке Кубота, современном городе Акитапрефектуры Акита. В XVII—XVIII веках официальный доход хана равнялся 200 000 коку, а реальный — 400 000 коку. К середине XIX века реальный доход вырос до 800 000 коку.
Основы управления укреплялись неоднократным составлением земельных кадастров. Формой наделов в хане до середины XIX века были региональные наделы (яп.地方知行). Экономика держалась на эксплуатации серебряных рудников Иннай и регулировании лесодобывающей и лесоперерабатывающей промышленности.