При Генрихе III, в 1580 году Крильон был назначен генерал-полковником (фр.colonel-général) всей французской пехоты (должность, специально для него учреждённая и упразднённая после его смерти). Сопровождал Генриха III в Польшу и был назначен им губернатором Лиона.
В войне с Лигой выступал на стороне короля. Принудил сдаться Ла-Фер, был назначен капитаном гвардейского полка и членом королевского совета. В 1586 году взял Прованс. В 1586 году он был снова ранен при взятии Ла-Рошели. Известен случай, когда Генрих III повелел Крильону убить герцога Гиза, но Крильон отказался выполнить такой недостойный дворянина приказ короля.
Генрих IV также весьма почитал Крильона, который участвовал во всех военных операциях его царствования. В 1600 году Крильон вместе с Сюлли командовал Савойской армией и овладел Шамбери, Эклюзом и Макмелианом. Генрих IV дал Крильону прозвище «brave des braves» и назвал «первым полководцем мира». Под конец жизни Крильон, страдая от ран, удалился в Авиньон, занялся там делами благотворительности, обнаружив экзальтированную религиозность, и умер 2 декабря 1615 года.