23 марта 1994 года состоялось её первое заседание.
Город Кострома одним из первых вступил в новый этап истории нашего государства, сформировав свой представительный орган в соответствии с новыми требованиями к организации местного самоуправления в Российской Федерации.
В Думе I созыва работали 13 депутатов. Они заложили нормативные основы для деятельности городского представительного органа следующих созывов. Несмотря на, может быть, недостаточный опыт, Думе I созыва удалось разработать документы очень серьёзного уровня. Регламент Думы, Положение «О статусе депутата» потребовали внесения изменений совсем недавно.
В октябре 2010 года избрана дума V созыва, в состав которой вошло 35 депутатов.
В 2015 году впервые представительный орган был сформирован по смешанной системе: из 38 депутатских мандатов 10 распределены по партийным спискам и 28 — одномандатным округам.
13 сентября 2020 года избрана дума VII созыва состоящая из 33 депутатов по одномандатным округам.