Внутри компартментов, окруженных бислоем липидов, могут существовать различные значения pH, функционировать разные ферментативные системы. Принцип компартментализации позволяет клетке выполнять разные метаболические процессы одновременно.
В цитозоле митохондрий находится окислительная среда, в которой NADH окисляется в NAD+.
Митохондрии (подразделяются на два компартмента — матрикс и межмембранное пространство)
Пероксисомы — содержат ферменты, которые с помощью кислорода окисляют некоторые органические вещества.
Лизосомы — внутриклеточное переваривание макромолекул, в том числе при аутофагии.
Хлоропласты (у высших растений подразделяются на три компартмента — межмембранное пространство, строму и внутреннюю полость тилакоидов)
Цитозоль — она же гиалоплазма - жидкая часть цитоплазмы. Представляет собой сложную смесь веществ, растворенных в жидкости.
Прокариоты
В любой клетке существует два генеральных микрокомпартмента, разделённые унитарной мембраной — цитоплазматический и экзоплазматический. Бактерии, обладающие грамотрицательным морфотипом, имеют ещё и третий генеральный микрокомпартмент — периплазматический, который расположен между цитоплазматической мембраной и наружной мембраной[2].
Иногда специализированный микрокомпартмент размещается сразу в нескольких генеральных компартментах, то есть имеет смешанную локализацию. Одним из примеров этого служит ундулиподия.