В ноябре 1970 года был призван на срочную службу в Советскую армию, где в 1971 году окончил школу младших авиационных специалистов в городе Спасск-Дальний (Приморский край), получив специальности оружейника и стрелка-радиста на ракетоносцеТу-16. Но в том же году, когда в часть приехала комиссия по отбору кандидатов для поступления в высшие военные училища, изъявил желание служить на флоте[3].
Вскоре И. Н. Козлов сам стал командовать подводными лодками. Сначала К-212 (4.1987—2.1988), затем К-410 «Смоленск» (2.1988—4.1991) и, наконец, К-173 «Красноярск» (4.1991—11.1992). Входил в состав Государственной комиссии по приемке подводных лодок проекта 949А «Антей»[4].
В 1990-е годы дивизия пополнилась новейшими атомными подводными крейсерами. Перед командованием стояла задача качественной приёмки их от промышленности, освоения и своевременного ввода в состав сил постоянной готовности. Имея хорошую профессиональную подготовку и опыт плавания, Козлов основные усилия направлял на повышение боеготовности соединения, разработку тактических приёмов использования кораблей, освоение новых видов вооружения, совершенствование ракетных стрельб[2].
И. Н. Козлов трижды участвовал в переводе новых атомоходов с Краснознамённого Северного на Краснознамённый Тихоокеанский флот в 1993, 1994 и в 1998 годах[5].
С 18 августа по 13 сентября 1993 года Козлов в должности начальника походного штаба на атомной подводной лодке К-456 «Касатка» (руководитель похода контр-адмирал М. В. Моцак, командир подводной лодки — капитан 1-го ранга А. П. Ефанов) участвовал в своём первом трансарктическом переходе с Краснознамённого Северного флота на Краснознамённый Тихоокеанский флот[2].
В августе — сентябре 1994 года уже старшим на борту атомной подводной лодки К-186 «Омск» (командир — капитан 1-го ранга А. С. Астапов), Козлов совершил второй трансарктический межфлотский переход из губы Западная Лица в бухту Крашенинникова на Камчатке. За 15 суток подводная лодка прошла подо льдами около 4000 миль, из них 500 миль в опасных в навигационном отношении районах в условиях мелководья Чукотского моря[2].
Указом Президента Российской Федерации от 23 июля 1996 года «за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания в условиях, сопряжённых с риском для жизни», контр-адмиралу Илье Николаевичу Козлову присвоено звание Героя Российской Федерации[2]. Этим же указом звание Героя присвоено командирк К-186 «Омск» капитану 1-го ранга А. С. Астапову[6].
В 1998 году вместе с экипажем однотипного И. Н. Козлов убыл на Краснознамённый Северный флот для приёма и подготовки к переходу атомной подводной лодки К-150 «Томск». Он прошёл обучение в учебном центре, организовал приём корабля, подготовку личного состава к подлёдному плаванию и в августе-сентябре 1998 года возглавил переход атомохода Северным морским путём к месту постоянного базирования в бухту Крашенинникова. Впервые участие в подводном переходе принял священник Русской Православной Церкви епископ Камчатский и Петропавловский Игнатий (Пологрудов)[2].
Живёт в Москве. С 2000 по 2004 годы работал в Министерстве чрезвычайных ситуаций Российской Федерации — начальник службы по проведению поисково-спасательных работ на акваториях («ГОСАКВАСПАС»). С 2004 по 2015 годы работал заместителем генерального конструктора и исполнительным директором концерна «Радиотехнические и информационные системы». В 2017—2018 годах являлся советником Генерального директора АО «РВТИ». С 2018 года — помощник Президента Общероссийской общественной организации «Российская Ассоциация Героев», руководитель аппарата Клуба Героев Москвы и Московской области[7].
Варганов Ю. В. и др. Военно-морская академия на службе Отечеству. — Можайск, 2001. — С. 239.
Лурье В. М., Полухина Т. В., Белова И. А. и др. Военные моряки — Герои подводных глубин (1938—2005). — Кучково поле, 2006. — С. 136—138. — 368 с. — ISBN 5-86090-212-3.
