До середины XVII века на территории Кинта-да-Боа-Висты располагались владения иезуитов. В 1800-е гг богатый португалец Элиаш-Антониу Лопеш на холме построил особняк, с которого был виден заливГуанабара, откуда владение и получило своё название. В 1808 году будущий король ПортугалииЖуан VI, получив в подарок поместье, начал строительство комплекса. В то время Кинта-да-Боа-Виста находилась сравнительно далеко от Рио, была окружена манграми и болотами.
В 1822 годуБразилия получила независимость, и Кинта-да-Боа-Виста стала владением местной императорской семьи. После установления республики комплекс стал государственной собственностью.