↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 25 мая 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Первоначально занимался разными видами спорта, в частности кикбоксингом и карате. В возрасте семи лет пошёл в футбольную секцию Василия Ивановича Бутакова, который, по словам Кержакова, «работал на заводе и в свободное время ходил по дворам, собирал детей»[3]. В футбольной школе «Зенит», где уже учился брат Александр, Михаил стал вратарём.
Из школы был взят в дубль «Зенита» с лета 2004 года, где вскоре стал первым вратарём. В период межсезонья, на сборе в Испании, был первым вратарём основного состава (Вячеслав Малафеев и Камил Чонтофальски были в своих сборных). С ним «Зенит» выиграл турнир «Guadalpin Cup», сыграв вничью с московским «Спартаком» и обыграв тбилисское «Динамо» и донецкий «Шахтёр».
C 2003 года регулярно вызывался в сборную России по футболу среди юношей 1987 года рождения. С 2006 — попал в состав молодёжной сборной России.
Следующий сезон снова провел в аренде — в клубе «Волгарь-Газпром», с которым ранее «Зенит» подписал договор о сотрудничестве[5].
«Алания»
В 2010 году был арендован владикавказской «Аланией»[6], и условия аренды не запрещали ему играть против «Зенита»[7]. Игрок и сам был заинтересован в этой сделке, поскольку шансов пробиться в основу, после появления в составе «Зенита» Юрия Жевнова, у него не осталось[8]. 25 апреля 2010 года состоялся его дебют в премьер-лиге в матче с «Ростовом», который закончился победой «Алании» 1:0[9]. 10 мая 2010 «Алания» принимала московский «Спартак» и разгромила его со счётом 5:2. Кержаков отстоял весь матч, а на 90-й минуте парировал одиннадцатиметровый удар в исполнении Веллитона[10]. В матче второго круга в Москве он также не позволил отличиться Ибсону. 1 ноября в гостевом матче с «Зенитом» (0:3) пропустил два мяча от своего старшего брата Александра Кержакова[11]. После возвращения из аренды не стал заключать новый договор с «Зенитом»[12].
«Волга»
27 декабря 2010 года в качестве свободного агента перешёл в «Волгу» из Нижнего Новгорода[13], подписав контракт на 2 года[14]. 22 октября 2012 года в матче с «Крыльями Советов» (1:0) отбил пенальти на 87 минуте.
«Анжи»
19 июня 2013 года стал игроком «Анжи», заключив с махачкалинским клубом долгосрочное соглашение[15].
Возвращение в «Зенит», аренда в «Оренбург»
16 июня 2015 года было объявлено, что Кержаков перешёл в «Зенит», контракт был рассчитан на 4 года[16]. Дебютировал в составе клуба 23 сентября в гостевом матче 1/16 финала Кубка России против тверской «Волги» (3:0). 29 сентября отыграл домашний матч Лиги чемпионов против «Гента» (2:1). 3 октября дебютировал в чемпионате России, отстояв домашнюю игру с «Ростовом» на ноль. В чемпионате-2016/17 дебютировал в домашнем матче 5 тура против «Амкара» (3:0), в этой же игре впервые сыграл вместе с братом Александром в составе «Зенита»[17].
10 февраля 2017 перешёл в клуб премьер-лиги «Оренбург» на правах аренды до конца сезона[18]. По окончании аренды вернулся в петербургский клуб.
В сезоне 2017/18 играл за «Зенит-2». После ухода Юрия Лодыгина стал вторым вратарём при Андрее Лунёве. В сезоне 2020/21 уже сыграл в чемпионате 18 матчей, после ухода летом 2021 года Лунёва стал основным вратарём. С сентября уступил место пришедшему Станиславу Крицюку, но тот вскоре получил травму, и Кержаков вновь вернулся в ворота.
11 сентября 2022 года в игре против «Оренбурга» провёл свой 50-й «сухой» матч в РПЛ[19].
Родители — Анатолий Рафаилович, в прошлом футболист, играл во второй советской лиге за «Химик» (Дзержинск), и Татьяна Вениаминовна. Брат — Александр Кержаков, также профессиональный футболист, лучший бомбардир в истории российского футбола. Жена Ирина. 15 мая 2019 года у пары родился сын Иван[21].
