Кежмарок возник в XIII веке объединением трёх близких поселений — славянских рыбаков, немецких шахтёров и королевских пограничных стражей. Впервые упоминается в 1251 году в письме короля Белы IV как «Кесмаркт». Городские права Кежмарок получил в 1269 году. В 1380 году становится свободным королевским городом. В средние века Кежмарок был богатым торговым и ремесленным городом.
В 1950 году Кежмарок был объявлен архитектурным заповедником.