Имела дочь Марту (в замужестве — Дубенецкая; родилась в 1980 году) и двух внучек: от первого брака дочери с Петром Смуневским — Еву и от второго брака с Марцином Дубенецким — Мартину[7].
Опознана была позже мужа (по обручальному кольцу[8]), поэтому гроб с её останками был доставлен из Москвы в Варшаву двумя днями позднее (13 апреля) и помещён для прощания рядом с гробом мужа в президентском дворце. 17 апреля гробы торжественно перенесли в кафедральный собор Святого Иоанна Крестителя[9].
Мария Качиньская похоронена вместе с супругом 18 апреля2010 года в краковскомВавеле в крипте под башней Серебряных Колоколов, недалеко от могилы Юзефа Пилсудского. Родственники выразили желание, чтобы на её саркофаге была указана двойная фамилия — Мацкевич-Качиньская (Mackiewicz Kaczyńska)[10].