↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 19 июня 2023 года.
Карабахаль — воспитанник клубов «Эстудантес Унидос» и «Арсенал». 14 апреля 2018 года в матче против «Бельграно» он дебютировал в аргентинской Примере[2]. По итогам сезона клуб вылетел из элиты, но Матео остался в команде. 25 августа в матче против «Химнасии Хухуй» он дебютировал в Примере B[3]. По итогам сезона Карабахаль помог клубу вернуться в элиту. 8 ноября 2020 года в поединке против «Атлетико Тукуман» Матео забил свой первый гол за «Арсенал»[4].