С 1983 по 1987 годы был членом Палаты Депутатов Италии, а в 1989 году участвовал в создании новой партии «Зелёная радуга» (итал.Verdi Arcobaleno). Кроме того, Капанна был также региональным советником в Ломбардии и муниципальным в Милане. После судебного расследования под названием "Чистые руки", которое практически уничтожило так называемую Первую республику, Капанна изо всех сил пытался найти политическую партию, которая бы стабильно согласилась с его идеологией.[1] Несмотря на то, что он всегда выступал в левых движениях, он занял позицию ,которая может быть определена как независимая левая.[2]
Еще в 2001 году, во время административных выборов, Марио Капанна представил себя в качестве кандидата на пост мэра в город Кастелло. Он собрал только 6 822 голосов и закончил борьбу еще в первом туре.[1]
Он является Председателем Фонда по правам генетики, исследовательский и коммуникационный орган по биотехнологиям, который работает с 2002 года как независимая научная и культурная ассоциация, занимающаяся исследованиями, информацией, проектированием приложений и различными формами влияния биотехнологических инноваций.[1]
