Родился в 1884 году в Судже в семье местного купца. Окончил Институт гражданских инженеров в 1916 году.
В августе 1916 года М.Н. Ишунин по вольному найму поступил инженером в Отдел зернохранилищ Российского Государственного Банка. В октябре 1917 организация была эвакуирована в Екатеринодар.
С 1920 остался в Краснодаре. Работал в Краснодаре строил в основном коммунальные дома. В течение работы в Краснодаре занимал следующие должности: старший архитектор в строительном отделе Кубчерсовнархоза, городской архитектор при отделе благоустройства г. Краснодара, главным инженером Краснодарской строительной конторы «Коммунстрой», заместителем начальника «Госстройконтроля» при окружном исполкоме г. Краснодара, главным инженером Краснодарского отделения «Севкавтяжстроя». В станицах Краснодарского края строил больницы. В 1920—1923 преподавал в Кубанском политехническом университете, Кубанском сельскохозяйственном институте и Всероссийском институте жировой промышленности.
В 1933 году был принят в Союз архитекторов СССР.
В 1933 переехал в Ростов-на-Дону. До 1937 года был городским архитектором. Скончался 15 сентября 1957 года.
Проекты и постройки
1925 — Инфекционный корпус в 1-й Краснодарской больнице