Итон женился на своей второй жене Маргарет О'Нил Тимберлейк[англ.] (больше известная как Пегги Итон) — давней подруге и недавно овдовевшей, в 1829 году, через годы после встречи с ней и её мужем в Вашингтоне, округ Колумбия.
В 1818 он избран сенатором от штата Теннесси и занимал эту должность до 1829 года. Вступление его в должность сенатора в возрасте 28 лет примечательно тем, что это противоречило требованиям Конституции США о том, что все сенаторы должны быть старше 30 лет.
Итон оставил место в Сенате в 1829 году из-за общественного скандала и назначен на должность военного министра США Джексона с 1829 года до 1831 года. Почтенные дамы Вашингтонского светского круга во главе с Флорид Кэлхун[англ.], женой вице-президента Джона К. Калхуна, пренебрежительно отзывались в сторону Пегги Итон из-за ее скорого брака, после смерти мужа, и из-за слухов, что они имели романтические отношения до их брака. Слухи проникли в кабинет, в тот момент как жёны стали участвовать с оппозиционной стороны. Джексон был в ярости, что жену его друга презирали. Спор, известный как дело Петтикоат[англ.], косвенно способствовал политическому росту Мартина Ван Бюрена, члена кабинета Джексона, который поддержал Итонов.
После уговоров Мартина Ван Бюрена, Итон ушёл с поста военного министра 18 июня 1831 года. Позднее он служил в качестве губернатора Флориды с 1834 по 1836 год, а также в качестве посла США в Испании[англ.] с 1836 по 1840 год.