Приговорённый Карлом V к смерти, но помилованный, Иоганн подписал виттенбергскую капитуляцию, давшую герцогу Морицу Саксонское курфюршество (1548), последний ещё 4 июня 1547 года был торжественно возведён императором Карлом V на лугу в курфюрсты.
Иоганн Фридрих отказался принять Аугсбургское временное постановление. Ему обещали свободу, чтобы склонить его принять вероисповедание императора, но это только утверждало его в преданности протестантской вере:
«Бог – говорил разорившийся князь – просветил меня знанием Своего Слова; я не могу оставить истину, чтобы не навлечь на себя вечного проклятия. Для чего мне принимать постановление, которое по многим существенным вопросам расходится со Священным Писанием, осуждать учение Иисуса Христа, которое я до этого исповедовал, и на словах одобрять то, что я считаю нечестием и заблуждением? Если я придерживаюсь августинского вероисповедания, то делаю это ради спасения души, пренебрегая мирским. После того как окончится эта тяжелая и жалкая жизнь, моей целью является стать причастником блаженной радости вечной жизни»[1].
Иоганн Фридрих оставался в плену, пока Мориц своим нападением на императора близ Инсбрука в 1552 году не изменил последнему и тот по Пассаускому договору вынужден был освободить Иоганна Фридриха. По Наумбургскому договору 1554 года за тем были также оставлены земли, составившие затем владение Эрнестинской линии. Тем не менее, Иоганн Фридрих стал последним из эрнестинских курфюрстов.