С большой суровостью взялся за искоренение оставшихся после отца непорядков: велел замучить до смерти заведовавшего монетным делом еврея Липпольда, удалил многих из советников отца, заточил его любовницу Анну Сидов, серьёзно сократил сумму государственного долга.
Сословиям, взявшим на себя уплату 1 млн талеров долга, Иоганн подтвердил их привилегии и дал им дополнительные права. Ненавидя кальвинистов, он позволил иезуитам ряд самоуправств и после введения формулы конкордии строго преследовал отклонения от неё в своих владениях.
Принял у себя бежавших нидерландцев.
13 июля 1574 основал первое гуманитарное образовательное учреждение в тогдашнем Берлине — гимназию «у Серого монастыря»[нем.]. Это старейшая Берлинская гимназия, которая существует и ныне как Евангелическая гимназия у Серого монастыря в берлинском районе Шмаргендорф.
Семья
От трёх жён у Иоанна было 23 ребёнка; с наследным принцем Иоахимом Фридрихом у него возникла ссора, когда он в интересах детей от последнего брака захотел разделить бранденбургские владения вопреки гогенцоллернскому семейному закону («Dispositio Achillea»).
