Покровительствовала церквям и бедным жителям Модены. В счастливом браке с наследным принцем Альфонсо III д’Эсте родила четырнадцать детей, из которых девять пережили младенческий возраст. Умерла сразу после родов последнего ребёнка.
В Турине 22 февраля 1608 года принцесса Изабелла сочеталась браком с наследным принцем Альфонсо (22.10.1591 — 24.5.1664), будущим герцогом Модены и Реджо под именем Альфонсо III, сыном Чезаре, герцога Феррары, Модены и Реджо из дома Эсте и Вирджинии Тосканской, принцессы из дома Медичи. В династическом браке[5], оказавшимся счастливым, она родила девять сыновей и пять дочерей:
Чезаре (1609—1613), принц Моденский и Реджийский, умер в младенчестве;
Франческо (6.9.1610 — 14.11.1658), герцог Модены и Реджо под именем Франциска I, был женат первым браком на принцессе Марии Екатерине Фарнезе (18.2.1615 — 25.7.1646), вторым — на принцессе Виктории Фарнезе (29.04.1618 — 10.8.1649) и третьим на принцессе Лукреции Барберини (24.10.1628 — 24.8.1699);
Обиццо (1611 — 24.8.1644), принц Моденский и Реджийский, епископ Модены;
Екатерина (2.2.1613 — 1635), принцесса Моденская и Реджийская, монахиня;
Чезаре (1614 — 20.9.1677), принц Моденский и Реджийский, главнокомандующий армии моденского герцога;
Алессандро (род. и ум. 1615), принц Моденский и Реджийский, умер в младенчестве;
Карло Алессандро (1616—1677), принц Моденский и Реджийский, имбецил;
Ринальдо (1618 — 30.10.1672), принц Моденский и Реджийский, кардинал, епископ Реджо-Эмилии, Палестрины и Монпелье;
Маргарита (1619 — 12.11.1692), принцесса Моденская и Реджийская, вышла замуж за Ферранте III (4.4.1618 — 11.1.1678), герцога Гвасталлы;
Беатриче (род. и ум. 1620), принцесса Моденская и Реджийская, умерла в младенчестве;
Беатриче (1622—1623), принцесса Моденская и Реджийская, умерла в младенчестве;
Филиберто (1623—1645), принц Моденский и Реджийский;
Бонифачо (род. и ум. 1624), принц Моденский и Реджийский, умер в младенчестве;
Анна Беатриче (1626 — 25.9.1690), принцесса Моденская и Реджийская, вышла замуж за Алессандро II (30.3.1631 — 2.2.1691), герцога Мирандолы и маркграфа Конкордии[6].
Во время замужества, получив разрешение свёкра, покровительствовала конгрегациям при церквях Модены. В отличие от принятой среди принцесс дома Эсте традиции не заниматься публичной благотворительностью, ей было дозволено оказывать помощь лично, что она и делала в церкви святого Доминика, находившейся рядом с дворцом моденских герцогов[7].
После брака принцесса Изабелла носила титулы наследной принцессы Модены и Реджо, принцессы Священной Римской империи, суверенной принцессы Капри, маркграфини Монтеккьо и владелицы Сассуоло. Она не успела официально принять титул герцогини Модены и Реджо, так как умерла при рождении последнего ребёнка 22 августа 1626 года. Альфонсо III д’Эсте стал герцогом в 1628 году[6].
Он тяжело переживал смерть любимой жены и остался вдовцом до самой смерти. Позднее, передав трон их старшему сыну, герцог-вдовец постригся в монахи-капуцины с именем брата Джованни Баттисты из Модены и спустя некоторое время умер в основанном им монастыре[8][9].