После захвата власти большевиками в начале 1918 года начал подпольную деятельность, вскоре стал руководителем антибольшевистских отрядов Степной Сибири. В это же время принял псевдоним Ринов. После свержения в Омске советской власти становится командиром 2-го Степного Сибирского корпуса, затем избран войсковым атаманом Сибирского казачьего войска. С 1 октября по 4 ноября 1918 года — Военный министр Временного Сибирского правительства, сменив на этом посту А. Н. Гришина-Алмазова. Одновременно — командующий Сибирской армией. Находясь на своём посту, ввёл звания и погоны императорской армии. 13 сентября 1918 года издал указ, согласно которому все офицеры, служившие у большевиков, объявлялись предателями. Признал приход к власти А. В. Колчака, после чего был назначен командующим Семиреченским фронтом с сохранением должности командующего Сибирской армией.
В декабре 1918 года возглавил подавление мятежа большевиков в Омске. 23 декабря того же года снят с поста командующего Сибирской армией и отправлен во Владивосток, где был назначен командующим войсками Приамурского военного округа. В мае 1919 года вернулся в Омск, руководил формированием Отдельного Сибирского казачьего корпуса, с переменным успехом участвовал в боях на реке Тобол и 11 сентября был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени. Обвинялся общественными и военными кругами в бездействии и провале Тобольского наступления в августе — октябре 1919 года. За недельное бездействие на фронте в сентябре 1919 года отстранён Колчаком от командования. В ноябре 1919 года покинул Омск, арестован генералом Пепеляевым за измену. Освобождён, бежал в Красноярск, где находился на нелегальном положении. Эмигрировал в Харбин в марте 1920 года. В 1921 году — начальник штаба войск атамана Семёнова на Дальнем Востоке. Вскоре занял должность начальника тыла армии во Владивостоке. В 1922 году вместе с остатками войск генерала Дитерихса эвакуировался в Корею. С 1924 года — в Китае. С 1922 сотрудничал с советским агентом Гущиным, осенью 1925 разоблачён полковником Г. В. Енборисовым, после чего бежал в СССР, где был расстрелян. Войсковым правительством в Зарубежье и представителями Сибирского казачьего войска лишён звания войскового атамана.