Из-за смешения с другими Иаковами проследить его путь в христианской традиции довольно сложно. О его смерти и погребении существует несколько версий. У одних авторов, например, у Псевдо-Симеона Логофета, он принял смерть в Мармарике («побит камнями иудеями»), у других — принял мученическую смерть по дороге в Египет в городе Острацине (распят на кресте)[1].
Иакова Алфеева следует отличать от апостола Иакова Зеведеева, или Иакова Старшего, а также от Иакова, «брата Господня», апостола из числа 70-ти, первого епископаИерусалима, называемого Иаковом Младшим. Путанице у некоторых авторов в прошлом способствовало то обстоятельство, что Иакова Алфеева иногда называют тоже Иаковом Младшим[1].
Мощи апостола находятся в Риме в церкви Санти-Апостоли (храм Двенадцати Апостолов)[3]. По другой версии, в этом храме находятся мощи Иакова, «брата Господня»[4]. Частица мощей Иакова есть также в соборе Святого Николая в Бари, а его глава пребывает в соборе Святого Апостола и Евангелиста Марка в Венеции. Частица мощей от главы святого апостола находится также на Афоне в греческом православном монастыре Эсфигмен. В храме Ризоположения на Донской улице в Москве хранилась икона, в которую была вставлена лобовая кость Иакова Алфеева. Икона поступила в храм в 1857 году от нежинского грека К. А. Буба по благословению святителя Филарета, митрополита Московского[1].
Крипта в Санти-Апостоли в Риме, где покоятся мощи апостолов Филиппа и Иакова Алфеева
