В начальный период Великой Отечественной войны под руководством Зубкова осуществлялась постановка минных заграждений, конвоирование транспортов, артиллерийская поддержка войск. Участвовал в обороне Одессы и Севастополя. Экипаж крейсера «Красный Крым» особо отличился во время Керченско-Феодосийской операции, получив почётное звание «Гвардейский». Участвовал также в битве за Кавказ[2].
Мемориальная доска активному участнику севастопольской обороны Зубкову Александру Илларионовичу установлена в 1980-е годы в Севастополе на доме № 5 по улице Ленина, в котором он жил с 1951 по 1978 год. Скульптор — С. А. Чиж.