За отвоеванием Сицилии у мусульман и образованием Сицилийского королевства последовало восстановление христианских структур. Епархия Чефалу была образована в 1131 году антипапой Анаклетом II по просьбе Рожера II и была подчинена архиепархии Мессины. Первым епископом Чефалу после восстановления епископства стал Точелмо. Сразу же после основания началось возведение кафедрального собора епархии, исполняющего эту роль по сей день. Долгое время в епархии Чефалу практиковалось параллельное использование латинского и византийского обрядов. Вплоть до XVII века епископы Чефалу были феодальными сеньорами и владели большими землями. Среди епископов выделяются Ардуйно II, который дважды отправлялся в изгнание из-за противодействия императору Фридриху, Николо (1352 год), умерший в заключении в крепости Грассарио и Франческо из дома Гонзага (умер в 1587 году), создатель первой семинарии на Сицилии.
По данным на 2006 год в епархии насчитывалось 111 тысяч католиков (98 % населения), 98 священников, 57 монахов (25 иеромонахов), 112 монахинь и 53 прихода[1]. Кафедральным собором епархии является собор Преображения Господня в Чефалу, построенный в 1131—1267 годах и носящий почётный статус «малой базилики». Кроме кафедрального собора этот статус получили ещё два храма епархии — Базилика Святой Агаты в Монтемаджоре-Бельсито и Базилика Святого Петра в Коллезано. C 2009 года епархию возглавляет епископ Винченцо Манцелла (итал.Vincenzo Manzella).
