В 1887 году, выйдя в отставку, был причислен «для особых поручений» к Министерству внутренних дел Российской империи, одновременно состоял врачом при Главном военно-медицинском управлении.
С 1878 года Елисеев публиковал описания своих путешествий в периодических изданиях. Его многочисленные работы содержат ценные сведения по вопросам географии, этнографии, археологии, медицины.
В 1894 году предложил богатому херсонскому помещику Н. С. Леонтьеву организовать экспедицию в Эфиопию[3]. Это стало его последней экспедицией. В мае 1895 года уже больной он сделал доклад о ней на заседании ИРГО[2].
↑Масленников Б. Г. Морская карта рассказывает / Под ред. Н. И. Смирнова. — 2-е изд., перераб. и доп. — М.: Воениздат, 1986. — С. 86 — 386 с., ил. — 35 000 экз.
Бабков И. И. По Африке: Путешествия Е. П. Ковалевского, В. В. Юнкера, А. В. Елисеева. — М.: Географгиз, 1949. — 88 с. — (Русские путешественники). — 50 000 экз.