Джаганнатха Даса Бабаджи родился в маленькой бенгальской деревне, расположенной в современном округе Тангаил в Бангладеш. Относительно года его рождения не существует единого мнения. Обычно указываются различные даты в период с 1750 по 1800 год.
В 1880 году Джаганнатха Даса Бабаджи впервые встретил Бхактивиноду Тхакура и стал его шикша-гуру (гуру-наставником). Джаганнатха Даса Бабаджи также дал духовное посвящение Бхагавату Дасу Бабаджи и Гауракишоре Дасу Бабаджи, который позднее принял в ученики сына Бхактивиноды, Бхактисиддханту Сарасвати. Говорится, что молодой Бхактисиддханта, известный своими обширными познаниями в астрономии, по просьбе Джаганнатхи Дасы Бабаджи создал вайшнавский календарь, в котором указал все знаменательные дни, включая дни явления и ухода вайшнавских святых.
