Крайняя северная точка — 69°39' северной широты, южная — 60° северной широты ровно (около 850 километров по границе с Британской Колумбией); восточная — 123°48' западной долготы, западная — 141° западной долготы ровно (около 1032 километров по границе с Аляской).
Значительная часть Юкона является зоной вечной мерзлоты. Основные разломы — Денали (англ.Denali Fault) и Тинтина (англ.Tintina Fault).
В Юконе, приблизительно на 66-м градусе северной широты, находится северная граница Кордильер — самой длинной горной системы в мире. Основные горные хребты Юкона:
Значительная часть Юкона находится в бассейнеодноимённой реки. Озёра в основном небольшие, за исключением трёх крупных, находящихся на юге территории на границе с Британской Колумбией: Теслин, Атлин (исток реки Юкон) и Тагиш.
При площади территории, приблизительно равной, к примеру, площади Испании или Швеции, население Юкона составляет меньше 34 тысяч человек (ок. 1 % населения Мадрида или ок. 4 % населения Стокгольма). Примерно 82 % жителей Юкона живут в столице территории — Уайтхорсе и его пригородах. До всех более менее крупных населённых пунктов Юкона можно добраться по автомобильным дорогам, за исключением Олд-Кроу. В Юконе есть всего три населённых пункта с населением свыше 1000 человек: Уайтхорс, Доусон и Уотсон-Лейк.
3 февраля 1947 года метеостанцией в 25 километрах восточнее городка Бивер-Крик была зарегистрирована самая низкая температура воздуха в Северной Америке за всю историю метеонаблюдений (рекорд не побит к 2013 году) — -63°С.
В Юконе обитают множество млекопитающих (олени, волки, гризли, койоты, лоси, бизоны, рыси, лисы, росомахи, куницы, горностаи, ласки, норки, на северном побережье территории живут белые медведи), грызунов (белки, лемминги, бобры, пищухи, полёвки, дикобразы, ондатры, выдры), более 250 видов птиц (во́роны, белоголовые орланы, беркуты, кречеты, сапсаны, 5 видов гусей), большое разнообразие рыб (налим, щука, много видов лососёвых). Обнаружено несколько видов лягушек, но ни одной рептилии.