Изрезанная линия морских берегов Северной территории образует Топ-Энд[англ.] («верхушку») — выдающуюся далеко в море часть материка, где находится самая северная точка Австралии. Здесь расположены национальные парки Какаду и Нитмилук. Топ-Энд с запада омывается водами залива Жозеф-Бонапарт, с востока — залива Карпентария. Общая длина побережья составляет 5438 км, вместе с многочисленными островами — 10 954 км[2].
Острова
К северу от материковой части Северной территории расположены многочисленные острова, самыми крупными из которых можно назвать Грут-Айленд, Батерст и Мелвилл[1].
Рельеф
Север региона — морской берег со множеством заливов, мысов. Побережье окаймлено многочисленными мангровыми зарослями и болотами[1]. На юг от Арнем-Ленда высота над уровнем море постепенно повышается, достигая высоты 300 и даже 600 метров в районе города Теннант-Крик. Регион лежит на огромном плато, сложенном из пород докембрийского периода. Ещё южнее простирается аллювиальная равнина. Здесь находится каменисто-песчаная пустыня Танами, упирающаяся на юге в горы Мак-Доннелл[1]. Высочайшая точка хребта Мак-Доннелла — гора Зил (1531 м)[3].
На юго-востоке региона простирается пустыня Симпсон — песчаная и не имеющая ни единого людского поселения[1]. К северу от пустыни, на границе с Квинслендом, расположено плато Баркли, достигающее высоты 300 м над уровнем моря и сложенное известняковыми породами палеозойского периода. Значительная часть плато покрыта плодородными землями; флора — преимущественно саванного (степного) типа.
В Северной территории большое разнообразие почв. Так, на юге преобладают каменистые и песчаные бесплодные почвы. Пустыня Симпсон примечательная своими дюнами и грядами красного цвета. Для севера, напротив, характерны землистые почвы. Базальтовые почвы, богатые железом, можно найти в бассейне реки Виктория и на плато Баркли. В полузасушливых регионах бассейнов рек Кэтрин, Дуглас и Дэйли почвы вполне пригодны для земледелия[1].
Климат
Для Северной территории характерен муссонный климат с чётко выделяющимися сезонами: влажным летним (ноябрь — апрель) и засушливым зимним (май — октябрь). При этом южная часть территории — жаркие пустыни. Количество осадков падает с севера на юг с 1525 мм/год до 130 мм/год. Только треть территории получает достаточно осадков для комфортного земледелия — от 380 до 1015 мм/год[1].
На севере, в районе административного центра территории — города Дарвин — температура колеблется от +29 °С в декабре до +25 °С в июле. На юге — в районе Алис-Спрингса — от +28 °С до +12 °С[1]. На севере, в прибрежной зоне, случаются ураганы и штормы.
Что касается млекопитающих, то их здесь насчитывается около 150 видов. К ним относятся скальные крысы, летучие мыши, водные млекопитающие (у побережья) и сумчатые[1]. Нередко встречаются кенгуру: большой рыжий — в засушливой местности, скальный валлаби и антилоповый — в горах на северо-западе, кенгуру Бернарда[англ.] (эндемик Северной территории) — на эскарпах Арнем-Ленда. В море плавают дюгони и иравадийский дельфин. Также в регионе обитает ехидна[1].
Вследствие освоения этих земель человеком здесь появились многие животные, несвойственные в прошлом Австралии: верблюд, азиатский буйвол, крупный рогатый скот, свиньи, козы, пони, лошади, ослы[1].
Также в регионе широко распространены рептилии, особенно сцинковые, которых насчитывается свыше 100 видов. На северном побережье встречаются гребнистый и австралийский узкорылый крокодилы, а также морские черепахи и водяные змеи (последних здесь — порядка 100 видов, одна пятая часть от общего числа видов водяных змей)[1]. Из лягушек примечательны коралловолапая и очаровательная[англ.] литории.