Его отец скончался в 1471 году, когда Генриху было всего три года. Первоначально княжеством управлял его дед, Фридрих Благочестивый (1418—1478), который ранее отрекся от престола и удалился в монастырь. В 1478 году после смерти Фридриха регентство в княжестве перешло к Анне Нассау-Дилленбургской, матери Генриха. Самостоятельно править Генрих начал только в 1486 году.
Генрих Брауншвейг-Люнебургский был известен своей расточительностью — он расходовал деньги на поддержание своего двора, но и на укрепление своей власти в княжестве (в первую очередь через ограничение прав крупнейшего города герцогства — Люнебурга) и территориальную экспансию (для доступа к Северному морю через захват графства Хойя и Восточной Фрисландии. Попытки реализации этих планов вызвали в 1516 году конфликт герцога Генриха Брауншвейг-Люнебургского с Габсбургами.
Генрих сотрудничал с Францией и даже поддержал кандидатуру французского короля Франциска I во время избрания нового императора Священной Римской империи. Против Генриха также выступили его родственники, владельные князья соседних земель в составе Брауншвейгского герцогства, Генрих II Младший, герцог Вольфенбюттельский (1489—1568), и Эрих I Старший, князь Брауншвейг-Каленбергский (1470—1540). В 1519 году в битве при Зольтау[нем.] Генрих и его союзник — князь-епископ Хильдесхайма Иоганн IV Саксен-Лауэнбургский[нем.] (1483—1547) нанесли поражение силами Генриха II и Эриха I. Но вскоре против Генриха выступил новоизбранный император Священной Римской империи Карл V Габсбург. В 1520 году под давлением императора Генрих был вынужден бежать во Францию, оставив руководство княжеством и огромные долги своим сыновьям Оттону и Эрнсту. Братья Оттон и Эрнст стали совместно управлять люнебургским княжеством. В 1527 году Генрих попытался восстановить свою власть в княжестве, рассчитывая на поддержку католиков, находившихся в оппозиции его сыновьям Оттону и Эрнсту, принявшим лютеранство. После неудачи Генрих вторично удалиться ко двору французского короля. В 1529 году Генрих вторично вернулся в своё княжество, но на этот раз без политических амбиций. Последние дни своей жизни он провел в княжеской резиденции в Люнебурге, которую ему передал его старший сын.
19 февраля1532 года Генрих Брауншвейг-Люнебургский скончался в Винхаузене и был похоронен а церкви Святой Марии в монастыре Винхаузена.
Wilhelm Havemann: Geschichte der Lande Braunschweig und Lüneburg. Göttingen 1855, S. 82 (bes. Fußnote)
Heinrich Schmidt: Heinrich der Mittlere. In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 8, Duncker & Humblot, Berlin 1969, ISBN 3-428-00189-3, S. 350 f. (Digitalisat).
Ferdinand Spehr: Heinrich der Mittlere. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 11, Duncker & Humblot, Leipzig 1880, S. 492—495.