Родился 16 (28) февраля 1864 года в семье архитектора Фёдора Ивановича Габерцеттеля; мать — Александровна, урождённая Шиллер (1839—1908); дед — Иоганн Габерцеттель (1788—1862). После окончания гимназии Карла Мая, где он учился 12 лет, в 1885 году поступил в Императорскую академию художеств, где учился до 1893 года. За время обучения получил малую поощрительную медаль (1889), малую (1891) и большую серебряную (1892) медали. Был учеником А. Л. Бенуа[1]. В 1893 году получил звание классного художника 3-й степени, в 1894 году — звание классного художника 2-й степени[2].
В 1893 году в чине коллежского секретаря был определён на службу в министерство внутренних дел[3]. В том же году стал работать на Тюлевой фабрике сначала в качестве рисовальщика, а затем — архитектора и заведующего художественным ателье фабрики[1]. Почётный член Санкт-петербургского Совета детских приютов, участвовал в работе Совета Образцового детского приюта барона Штиглица. Надворный советник (с 1911 года).
Его художественные произведения экспонировались на выставках «Общества русских акварелистов»: в 1890 году — «Село Услони на Волге»; в 1893 — «Рыбацкие домики»; в 1895 — «Дождливый вечер»; в 1896 — «На островах»; в 1901 — «Болотная речка»; в 1903 — «После дождя»; в 1913 — «Пейзаж». Работа В. Ф. Габерцеттеля «Закат» (акв., гуашь, 1893) в настоящее время выставлена в Пензенской областной картинной галерее.
Был женат с 9 марта 1900 года на дворянке Елизавете Антоновне фон Детерс (нем.Elsa Antonie von Deeters; 04.06.1876 — 1944, Хельсинки). Их дети: Антоний-Фридрих (род. 27.05.1901), Георгий-Теодор (род. 28.09.1902), Александр-Виктор (род. 21.10.1909), Виктория-Мария (род. 09.05.1913).
Архитекторы-строители Санкт-Петербурга середины XIX — начала XX века: справочник / Сост. А. М. Гинзбург, Б. М. Кириков при участии С. Г. Фёдорова, Е. В. Филиппова; под. общ. ред. Б. М. Кирикова. — СПб.: Пилигрим, 1996. — С. 81—82. — 400 с. — ISBN 5-900989-01-1.
Кириков Б. М., Штиглиц М. С. Петербург немецких архитекторов (рус.). — Чистый лист, 2002. — С. 377. — 414 с.