Лауреат литературной стипендии Альфреда Топфера (Германия) (1996)[1]. Лауреат премии «НГ» — «Нонконформизм» в номинации «Нонконформизм-судьба» (2010)[2].
Публикуется с 1993 года, автор нескольких книг стихов и прозы, в том числе «Аномализм» (1993), «Детская книга мёртвых» (1994), «Последняя старуха-процентщица русской литературы» (1996), «Собака Павлова» (1996; 1999), «Земля Нуля» (1997). На немецком языке вышла книга «Schwarze Ikone» (2002), «Чёрная Икона русской литературы» (2005), «Мир как Воля и Преступление» (2014), «Чёрная Икона русской литературы» (2015), «Сборник стихов А. Витухновской ДООС-Поэзия» (2015).
16 октября 1994 года была арестована сотрудниками ФСК (ныне ФСБ) по обвинению в хранении и распространении наркотиков. После года, проведённого в Бутырке, выпущена под поручительство Русского ПЕН-Центра[3]. Отказалась от политического убежища в Швеции. В 1997 году была вновь арестована и провела ещё полгода в тюрьме. Процесс активно освещался российскими СМИ, а также в США, Великобритании, Германии, Швеции и Финляндии. В общей сложности (с апелляцией) процесс длился пять лет. В апреле 1998 года приговорена к полутора годам лишения свободы (в качестве срока ей было засчитано пребывание в предварительном заключении). Общественными защитниками на процессе стали Андрей Вознесенский, Андрей Битов, Александр Ткаченко, Юнна Мориц, Лев Тимофеев[3].
Участвовала в выставке «Процесс» с Алёной Мартыновой[4] при поддержке Центра Современного Искусства (TV-Галерея) 1997, фестивале «Неофициальная Москва» 1999.
Алина Витухновская известна серией совместных видеоработ с Владимиром Епифанцевым.
Лауреат премии «Нонконформизм-2010» в номинации «Нонконформизм-судьба» (по совокупности заслуг) с формулировкой «За бесстрашие и твёрдость в отстаивании своих идей»[2].
Координатор движения «Республиканская альтернатива» (РА). Баллотировалась в Координационный совет оппозиции[5]. Не прошла в КСО, поэтому вошла в состав альтернативного Экспертного Совета оппозиции (ЭСО).
В марте 2014 года, после аннексии Крыма Россией, вместе с рядом известных деятелей науки и культуры России выразила свое несогласие с действиями российской власти в Крыму и на востоке Украины. Подписала антивоенное обращение инициативной группы по проведению Конгресса интеллигенции «Против войны, против самоизоляции России, против реставрации тоталитаризма»[6].
В июле 2016 года заявила о своём желании выдвинуть свою кандидатуру на предстоящие президентские выборы 2018 года[7], подтвердив впоследствии это намерение в ряде СМИ[8][9][10]. 25 декабря 2017 года в официальной группе «ВКонтакте» отказалась от выдвижения своей кандидатуры, сославшись на то, что выборы «оказались слиты недальновидными, либо назначенными сверху „лидерами протеста“ — Алексеем Навальным и Ксенией Собчак»[11]
В октябре 2018 года вышла из русского ПЕН-центра[12] по политическим причинам[13] и вступила в Международный ПЕН-клуб.
