Село возникло при основанной в 1899 году одноимённой станции. Название получило в честь железнодорожного инженера, одного из основателей Новосибирска Григория Моисеевича Будагова (первоначальное название станции — Курзан, по соседней реке Курзанке и старинному селу Трактово-Курзан).
В районе сёл Будагово и Шеберта в августе 2015 году был заасфальтирован последний грунтовый участок (с 1437 по 1454 км) на федеральной автомобильной дороге Р255 «Сибирь»[5]. Этот участок был последним «гравийным разрывом» на всём протяжении автодороги от Москвы до Владивостока[6].
