16 мая 1931 — начало работы нового театра кукол. В помещении Дома коммунистического воспитания детей Смольнинского района на проспекте Володарского (ныне Литейный проспект 49) поставлена пьеса Л. Я. Циновского «Инкубатор». В составе театра три актёра: Н. К. Комина, А. А. Гак, А. Н. Гумилёва, художник В. Ф. Комин и музыкант М. Г. Аптекарь[2].
В 1932 году театр возглавил театральный рецензент и режиссёр Савелий Наумович Шапиро, выпускник Школы русской драмы, ученик В. Э. Мейерхольда. В 1930-х годах с театром работают художники В. Ф. Комин, Н. Н. Иванова, М. А. Григорьев, Е. П. Якунина, Н. Н. Константиновская. К концу 1930-х годов репертуар театра насчитывал более десяти спектаклей. Значительным событием стала премьера в мае 1937 года спектакля «Бевронский луг» по роману Р. Роллана «Кола Брюньон», адресованный старшим школьникам. Также значительные работы в этот период: «Илья Муромец» (1939), «Храбрый портняжка» (1940), «Аладин и волшебная лампа» (1940)[3].
В 1939 году театр получает название «Второй ленинградский театр кукол» и статус государственного театра, а в 1940 (по другим данным — в 1938) году — здание на улице Некрасова, 10, где и находится по настоящее время[2].
Во время блокады Ленинграда до февраля 1942 года театр давал представления в госпиталях, заводских цехах, на призывных пунктах и в воинских частях. Зимой 1941 года артисты театра организовали Новогоднее представление с ёлкой для детей блокадного Ленинграда. В феврале 1942 года театр был эвакуирован в Новосибирск. Артисты выступали с представлениями для детей, сатирическими спектаклями для взрослых. В репертуаре театра появлялись новые спектакли «Письмо» Ю. Свирина, «Четвертый мушкетер» Л. Браусевича, «Шелковая кисточка» И. Карнауховой. В апреле 1944 года одним из первых театр возвратился из эвакуации в Ленинград[3].
Первый послевоенный сезон открылся спектаклем «Аленький цветочек». В театр был принят второй режиссёр М. М. Королёв, труппа пополнилась актёрами Е. Р. Ваккеровой, Ф. И. Ивановым, В. М. Козловой, В. Ф. Костровой, В. В. Кукушкиным, И. И. Нахбо, О. С. Погорельской, С. Э. Струппуль, Б. А. Сударушкиным. Наиболее значимые спектакли второй половины 1940-х годов «Пятак и пятачок» Н. Гернет (1946), «Сказка о храбром солдате» Е. Шварца (1946), «Дюймовочка» (1947). Последним спектаклем, поставленным С. Н. Шапиро стал «Сказание о Лебединце-городе» И. Карнауховой и Л. Браусевича (1948)[3].
В 1949 году театр возглавил Михаил Михайлович Королёв, ранее бывший режиссёром драматического театра. Королёв уделял основное внимание созданию актёрами сценических образов, введя в работу над спектаклем длительный застольный разбор пьесы, добиваясь внутренней выразительности, способности к перевоплощению, используя для этого средства драматического театра. В 1949—1954 годах в театре ставятся «Сказка о царе Салтане» и «Руслан и Людмила» А. С. Пушкина, «Тимур и его команда» по повести Аркадия Гайдара, «Дикие лебеди» по сказке Х. К. Андерсена.
С 1954 года в репертуар театра входят спектакли для взрослых. Первым таким спектаклем стал «1002-я ночь» Н. Гернет и К. Шнейдер[2].
В 1955 году театр переименован в «Ленинградский государственный Большой театр кукол».
В этот период в театре работали главный художник И. А. Коротков, художники-скульпторы И. Н. Константиновская, Н. З. Хомякова, В. В. Малахиева, В. А. Ховралев, В. Г. Ховралева, пришли новые актёры Л. Г. Донскова, А. П. Корзаков, В. П. Мартьянов. В 1959 году в театр пришёл молодой режиссёр В. Б. Сударушкин.
С 1964 по 1986 театр возглавлял народный артист РСФСР, лауреат Государственной премии РСФСР Виктор Борисович Сударушкин. С именем этого режиссёра связаны крупные достижения театра в 1960—1980-е годы. Наиболее значительные работы В. Б. Сударушкина: «Слонёнок» (1964, 1974) Р. Киплинга, «Неизвестный с хвостом» С. Прокофьевой (1967), «Мальчиш-Кибальчиш» А. Гайдара (1967), «Сказка про Емелю» Б. и В. Сударушкиных (1971), «Несусветная комедия» Тита Макция Плавта (1968), Музыкальное ревю «Варьете "У Лукоморья"» (1984), «Похождения бравого солдата Швейка» Я. Гашека (1973), «Любовь, любовь…» по «Декамерону» Боккаччо (1977), «Клоп» В. Маяковского (1979), «До третьих петухов» В. Шукшина (1-я постановка в России, 1976), «Иностранец в Риме» М. Зощенко (1983), «Петербургская фантазия» по Н. Гоголю и Ф. Достоевскому (1982)[4].
В 1981 году театр награждён орденом «Знак Почёта» за заслуги в развитии советского театрального искусства[5].
В период с 1986 по 1992 после кончины В. Б. Сударушкина театр возглавляли заслуженный деятель искусств России В. А. Маслов, затем Лауреат Государственной премии России, народный артист России, Академик Российского телевидения А. А. Белинский. Позднее театр возглавил В. Богач.
К постановкам в театр приглашались известные режиссёры-кукольники — В. Штейн, Р. Виндерман, В. Бирюков.
На афишах театра имена М. Зощенко, Ф. Дюрренматта, Н. Гоголя, Т. Ружевича, Д. Биссета, Б. Шергина и др.
Александр Белинский был единственным режиссёром после В. Сударушкина, который возобновил в Большом театре кукол репертуар для взрослых.
С 1993 по 2004 театр возглавляла Алла Александровна Полухина, ученица крупнейшего мастера русского театра Г. А. Товстоногова. А. А. Полухина поставила ряд спектаклей на основе драматургии детской классики, в том числе: «Лисенок, который не хотел быть хитрым» Я. Экхольма, «Синяя птица» М. Метерлинка, «Соловей» Х. К. Андерсена, «Три поросёнка» С. Михалкова и другие.
С 2001 года директором театра стал Александр Аркадьевич Калинин.
Новая страница истории театра началась в апреле 2006 года — с приходом в театр нового главного режиссёра Руслана Равилевича Кудашова. Профессиональный актёр и режиссёр театра кукол, создатель и художественный руководитель театра «Потудань», Р. Кудашов известен своими постановками не только в России, но и за её пределами.
25 октября 2005 года в Большом театре кукол состоялась премьера спектакля «Вий» в постановке Р. Кудашова по повести Н. Гоголя. Этим спектаклем театр восстановил традицию БТК постановки своей сцене пьес из репертуара для взрослой публики. За несколько лет театр побывал на гастролях в разных странах, а его постановки были отмечены большим числом наград[6].
В 2006 году Большой театр кукол и Санкт-Петербургская Государственная академия театрального искусства (ныне — Российский государственный институт сценических искусств) совместно набрали курс для обучения по специальности «артист театра кукол». По окончании Академии студенты почти полным составом вошли в труппу БТК, их спектакли пополнили репертуар театра.
С 2014 года театр стал проводить ежегодный кукольный фестиваль «БТК-ФЕСТ: Театр актуальных кукол». В 2017 году впервые прошла «БТК-ЛАБ: Лаборатория для молодых режиссёров по новой детской литературе»[7][8][9].
В 2016 году Большой театр кукол удостоен Почётного диплома Законодательного Собрания Санкт-Петербурга[10].
Бывший доходный дом А. Е. Бурцева был построен в 1912—1913 годах архитектором Иваном Володихиным по адресу ул. Некрасова, дом 10. Театральные помещения были спроектированы в здании изначально. Здесь находились театр П. П. Гайдебурова и выставочные залы; в 1919 году работал театр-студия С. Э. Радлова. Во второй половине 1930-х годов в здании на улице Некрасова, 10 давал спектакли Совхозно-колхозный театр имени Облисполкома. В 1938 году помещение получил Театр кукол.
Руководители театра
с 1932 по 1948 — Савелий Наумович Шапиро.
с 1949 по 1963 — з. д.и. России Михаил Михайлович Королёв.
