История Боготольского района начинается с образования Боготольского поселения (село Боготол). Предположительно, это 1703 год. С древних времён небольшая пойма реки Чулым привлекала людей своей красотой и обилием своих богатств. В XVII веке на территории Боготольской и Краснореченской волостях (Аргинское Причулымье) проживали тюркские племена, которых называли чулымскими татарами. Русские люди поселились здесь в конце XVII века. Но благоприятные условия для развития русских поселений в Причулымье сложились только к 1703 году, когда прекратились постоянные набеги киргизов на поселения. Крестьяне Причулымья занимались земледелием, скотоводством. Села — Боготол, Красная Речка, Коробейники — первые поселения пашенных крестьян в Причулымье Ачинского острога. Крестьяне сеяли озимую рожь, пшеницу ярицу, овес, ячмень, гречиху, лен, просо, коноплю.
Со строительством Московского тракта, который с 1751 года прошёл через Итат, с. Боготол, Красную Речку, быстро стали развиваться притрактовые села.
В селе Боготол к 1771 году было 160 домов, соляные магазины. Село являлось административным центром и имело главный надзор над поселениями от Сусловки до Ачинска. В середине XVIII века было построено 2 винокуренных завода — Боготольский и Краснореченский, которые производили в год 10 тысяч ведер водки каждый. Продукция этих заводов транспортировалась по всей Сибири и за Урал. Сырьём для винокуренного производства служила пшеница местного производства.
К середине XIX векасело Боготол стало значительным торговым центром близлежащей округи. Здесь практиковалась ярмарочная торговля. Важнейшее место в торговле занимал сбыт сала, масла коровьего, кож, овчин, зерна, муки, изделий кустарного промысла. Через своих торговых людей поддерживались связи с крупными торговыми центрами. Кроме всего оно имело 4 кожевенных завода, 5 мукомольных мельниц, 3 кирпичных завода. Кроме того, было развито кустарное ремесло. Кустари изготавливали мебель, сохи, телеги, сани, вилы, грабли, прялки, ткацкие станки, шили одежду, обувь, занимались обжигом извести, смолокурением. В 1896 году в селе проживало 4673 жителя. Для них были открыты больница, православная церковь, еврейский молитвенный дом, богадельни, два сельских училища — мужское и женское (общеобразовательные школы), лесное училище, поступить в которое было нелегко из-за высокого конкурса.
В 1913 году вблизи села Боготол были обнаружены значительные залежи гончарных глин. По постановлению Губернского управления земледелия и землеустройства в селе организовывается учебно-показательная гончарная мастерская.
В 1930-х годах на территории района (на базе Аргинских лесов) создан Боготольский леспромхоз. В Арге занимаются сбором живицы и смолокурением. Создаются промысловые артели по переработке сырого леса, функционирует винокуренный завод, два льнозавода по первичной переработке льна, шесть паровых мельниц, десять маслобоен, бойня, шестнадцать кустарных пихтовареных и дегтекуренных завода, шесть кустарных кирпичных завода, гончарная мастерская, одним из видов изделий которой являются телеграфные изоляторы.
С 1935 года проводятся разведывательные работы, которые показали наличие промышленных запасов россыпного и рудного золота в Арге. Начались государственные разработки россыпного золота. В результате возник Галкинский прииск (по названию речки Галки). Здесь были построены клуб, семилетняя школа. Но в 1950 годуприиск прекратил своё существование (в послевоенные годы изменилась конъюнктура в золотодобывающей промышленности).
Во второй половине 1920-х годов в Боготольском районе построены пионерский лагерь на реке Гремячке, Краснозаводский дом отдыха. Вышла первая районная газеты «Колхозное знамя».
В 1932 году в районе функционировали 2 больницы, 7 лечебных пунктов, детская и женская консультации, санитарный участок.
В послевоенные годы (1949—1950) происходит укрупнение колхозов. Довоенный уровень производства сельхозпродукции был превзойден в 1950 году. На селе открываются семилетние школы, строятся электростанции. В 1958 году вводится новая система закупок сельскохозяйственной продукции. Закупочные цены были увеличены в 2,5 раза. Это способствовало укреплению материально-технической базы хозяйств.
Боготольский район образован 25 июля1924 года. Как административная единица в составе Западно-Сибирского края Ачинского округа выделился в 1925 году (от Аргинской излучины до Чулымских гарей). В состав района до 1951 года входил и город Боготол, который являлся районным центром, 33 сельских Совета, 152 населенных пункта, в которых проживало 36 739 чел.