За осмеяние в остроумном памфлете должностных лиц Бидлоо попал в тюрьму, но благодаря покровительству короля был вскоре освобожден[11].
Одно время он занимал должность инспектора английских госпиталей, а с 1694 года вновь стал профессором в Лейденском университете[11].
В 1701 году Говерт Бидлоо был призван к королевскому двору в Лондон, но после смерти Вильгельма снова вернулся в Лейден[11].
В 1685 году в Амстердаме Бидлоо опубликовал свой труд «Anatomia corporis humani 105 tabulis per artificiosissimum G. de Lairesse etc.»[11][12], который довольно продолжительное время использовался как учебное пособие в Московской госпитальной школе[10]. Некто В. Купер (Cowper) купил в Амстердаме 300 таких таблиц, переменил некоторые подписи, обозначил части рисунков буквами, изменил текст, правда, к лучшему, и издал книгу под своим именем. Бидлоо привлек его к ответственности за плагиат и написал на латинском языке: «G. Cowper criminis litterario citatus coram tribunali societatis Britanniae regiae» (Лейден, 1700)[11].
Зaтем последовали другие работы Бидлоо, среди которых наиболее известны: «De animalculis hepatis ovili epistola ad A. V. Leouwenhoeck» (Лейден, 1697) и «Exercitationum anatomico-chirurgicarum decades duae» (Лейден, 1708)[11].
Говерт Бидлоо умер 30 марта 1713 года в Лейдене[13].