В 1975 году по окончании ЕВВАУЛ лейтенант Т. А. Апакидзе был направлен на Балтийский флот в качестве лётчика 846-го отдельного гвардейского морского штурмового авиационного полка им. В. П. Чкалова (Су-17М). К 1983 году он — заместитель командира 846-го отдельного гвардейского морского штурмового авиационного полка[1].
Служба в 100-м корабельном истребительном полку
В 1986 году окончил Военно-морскую академию имени А. А. Гречко и был назначен командиром 100-го корабельного истребительного полка Центра корабельной авиации ВМФ (базовый аэродром — Саки, Крым), а позднее и начальником Центра. 11 июля 1991 года из-за отказа системы дистанционного управления был потерян один из первых серийных Су-27К-Т-10К-8. Пилотировавший его Апакидзе катапультировался.
После распада Советского Союза сыграл ключевую роль в сохранении авианесущего крейсера «Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов» в составе Военно-Морского Флота России.
В связи с тем, что украинская сторона могла предъявить на этот корабль претензии, 1 декабря 1991 года он был экстренно и тайно выведен из Севастополя и переведён на Северный флот. Вместе с ним на Север перевелись около восемнадцати лётчиков и сотня инженеров и техников из состава Сотого полка. По воспоминаниям лётчиков, «у Апакидзе была идея поднять полк и увести его в Россию целиком. Но когда по телевизору показали Кравчука, целующегося в Ялте с Ельциным, он понял, что не стоит подставлять людей и становиться заложником продажных политиков». При повторном принятии присяги на верность новому государству — Украине, — Апакидзе отказался это сделать[3].
До июня 1992 года прослужил в должности начальника воздушно-огневой и тактической подготовки авиационного полка в городе Саки, после чего был переведён на Северный флот на военный аэродром Североморск-3 и назначен начальником воздушно-огневой и тактической подготовки — старшим лётчиком смешанной корабельной авиационной дивизии ВВС СФ. Однако в те годы у российской армии не было средств на содержание палубной авиации, на проведение учебно-тренировочных полётов, на постройку новых машин, происходило сокращение личного состава. В тех условиях перед Апакидзе поставили задачу сажать самолёты на палубу, иначе авианосец должен был разделить участь недостроенных кораблей того же класса — пойти на металлолом[4].
В общей сложности налетал 3 тысячи часов на 13 типах самолётов. На счету Апакидзе 300 посадок на палубу крейсера в Чёрном, Средиземном морях, в Атлантике и на Севере. Входил в пятёрку пилотов, освоивших известную во всем мире «кобру Пугачёва» и «колокол».
Погиб 17 июля 2001 во время показательных выступлений на празднике в честь 85-летия военно-морской авиации в Центре боевой подготовки и переучивания лётного состава авиации ВМФ под Псковом. Апакидзе, выполнив все фигуры высшего пилотажа, заходил на посадку, когда его самолёт Су-33, находившийся в нескольких километрах от взлётно-посадочной полосы, «повёл себя неустойчиво». После доклада об этом на пункт управления полётами, лётчику поступила команда катапультироваться. Однако, Апакидзе решил не катапультироваться и оставался в пилотской кабине до момента удара самолёта о землю и его взрыва, стремясь сохранить самолёт[5]. Однако по мнению госкомиссии, Апакидзе погиб «вследствие психофизической перегрузки»[6]. Пилот отключил ограничители предельных углов атаки и перегрузки, чтобы выполнить сложные фигуры пилотажа. В результате во время одного из манёвров он испытал восьмикратную перегрузку и потерял контроль над машиной[7].
Заслуженный военный лётчик Российской Федерации (18 августа 1994) — за особые заслуги в освоении авиационной техники, высокие показатели в воспитании и обучении летных кадров и многолетнюю безаварийную летную работу в военной авиации[8]
В посёлке Новофедоровка (бывший гарнизон Саки-4) на Аллее героев установлен бюст.
Открыты мемориальные доски в Нахимовском училище, в Саках, Калининграде и Североморске-3.
Т. А. Апакидзе посвящена песня барда Константина Фролова «Поговори со мной о крыльях» и песня "Тимур" подмосковного трио "Яблонька".
17 июля 2013 года (ровно через 12 лет со дня гибели) на территории Комсомольского-на-Амуре авиационного завода открыт памятник палубному истребителю Су-33. На самолёт нанесены портрет Т. А. Апакидзе и бортовой номер машины — «70»[9].
Ежегодно с 2002 года в городе Великие Луки проходит Кубок Псковской области по каратэ имени Героя Российской Федерации Тимура Апакидзе[10].
