В мае 1920 года был направлен на учёбу на политпросветительские курсы Оренбургского укреплённого района, а в декабре — на учёбу в авиашколу в Петрограде. В марте 1921 года в составе 3-го сводного курсантского полка Аникушкин принимал участие в подавлении Кронштадтского восстания, после чего продолжил учёбу на политпросветительских курсах в Оренбурге, по окончании которых с мая того же года на этих же курсах командовал взводом и ротой.
Межвоенное время
В октябре 1921 года Аникушкин был назначен на должность командира взвода 35-го батальона войск ВЧК. Принимал участие в боях против повстанцев в Сибири. В декабре того же года направлен на учёбу в 18-ю Оренбургскую пехотную школу комсостава РККА, по окончании которой с сентября 1923 года служил в 65-м Новороссийском стрелковом полку (22-я стрелковая дивизия, Северо-Кавказский военный округ), где исполнял должность командира взвода, а также последовательно назначался на должности помощника начальника пулеметной команды, командира роты, начальника учебной части полка и командира батальона.
В сентябре 1925 года был направлен на учёбу на стрелково-тактические курсы «Выстрел», по окончании которых в октябре 1926 года вернулся в 65-й Новороссийский стрелковый полк, где исполнял должности командира роты и начальника полковой школы. В июне 1931 года Аникушкин был направлен на учёбу в Военно-техническую академию имени Ф. Э. Дзержинского, но в феврале 1932 года прекратил учёбу и был назначен на должность начальника штаба 27-го стрелкового полка (9-я стрелковая дивизия, Северо-Кавказский военный округ).
С началом Великой Отечественной войны полковник Аникушкин продолжил командовать дивизией в составе Юго-Западного фронта, в составе которого дивизия обеспечивала отступление 6-й армии. С августа 1941 года после расформирования дивизии Аникушкин исполнял должность заместителя командующего 26-й армией по танковым войскам на Юго-Западном фронте. 20 сентября Аникушкин был ранен и, находясь в полевом госпитале в пгтОржица (Полтавская область), попал в окружение, из которого вместе с группой командиров вышел 25 октября в районе города Чугуев.
В декабре был назначен на должность командира 129-й отдельной танковой бригады (13-я армия).
В газете «Комсомольская правда» бойцы 129-й тбр под командованием полковника Аникушкина были неоднократно отмечены в статьях[2]. Корреспондент Ю. А. Жуков писал, что рубеж Аникушкина называют бронированным рубежом[3].
В августе 1944 года Фёдор Георгиевич Аникушкин был назначен на должность заместителя командующего бронетанковыми и механизированными войсками РККА, а с ноября исполнял должность заместителя командующего войсками Харьковского военного округа по бронетанковым и механизированным войскам.
Послевоенная карьера
После войны Аникушкин находился на прежней должности. В январе 1946 года был назначен на должность командира 1-й танковой дивизии (Прибалтийский военный округ), а в октябре 1951 года — на должность командующего бронетанковыми и механизированными войсками Прибалтийского военного округа.
Коллектив авторов. Великая Отечественная: Комкоры. Военный биографический словарь / Под общей редакцией М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2006. — Т. 2. — С. 98—100. — ISBN 5-901679-12-1.
Великая Отечественная. Комдивы [Текст] : военный биографический словарь : в 5 т. / Д. А. Цапаев (рук.) и др. ; под общ. ред. В. П. Горемыкина. — М. : Кучково поле, 2011. — Т. 1. — С. 559—561. — 736 с. — 200 экз. — ISBN 978-5-9950-0189-8.