Каждый район состоит из нескольких, большей частью сложившихся исторически районов. Когда-то они являлись самостоятельными городами, деревнями и посёлками, были включены в состав Уфы.
Районам подчинены напрямую 2 сельских населённых пункта (д. Князево — Калининскому району и д. Ветошниково — Ленинскому району), а также 5 сельсоветов (включающих 22 населённых пункта): Фёдоровский сельсовет подчинён Калининскому району, Искинский сельсовет — Кировскому району, Нагаевский сельсовет — Октябрьскому району, Новочеркасский и Турбаслинский сельсоветы — Орджоникидзевскому району.[1][2]
В состав Уфы 6 марта 1944 вошёл город Дёма. Сейчас территория бывшего города входит в Дёмский район Уфы. 24 июля 1956 года был присоединен Черниковск. Ныне - Орджоникидзевский район.
В результате присоединения в середине 1990-х годов сельских советов из окрестностей города, Кировский и Октябрьский районы имеют некомпактные, состоящие из двух отдельных частей, территории. При этом две части Октябрьского района разделены территориями других городских районов, а две части Кировского района разделены территориями, не включёнными в состав Уфимского городского округа.