С 1932 года — в аппарате ЦК КП(б) Азербайджана. В 1934—1938 гг. — редактор республиканской газеты «Коммунист» на горско-еврейском языке, одновременно — заместитель директора Государственного Азербайджанского государственного издательства (курировал издание всех книг на горско-еврейском языке).
С 1937 года — кандидат в члены ЦК КП(б) Азербайджана. С 1938 года — 1-й секретарь Орджоникидзевского райкома партии, самого крупного нефтедобывающего района Республики. В течение 1938—1939 гг. Орджоникидзевский район стал передовым нефтяным районом СССР; Я. М. Агарунов был награждён орденом Трудового Красного Знамени. С 1939 года — член ЦК КП(б) Азербайджана.
С 1941 года — секретарь Бакинского горкома партии по нефтяной промышленности. В первый же год войны нефтяники Баку дали стране 23,5 млн тонн нефти; за образцовое выполнение задания правительства Я. М. Агарунов был награждён орденом «Знак Почёта».
Осенью 1942 года в числе 5000 бакинских специалистов был направлен на освоение нефтяной целины в Куйбышевскую область, назначен секретарем Куйбышевского областного комитета КПСС по нефтяной промышленности. В 1943 году нефтяники Куйбышева увеличили добычу на 42 %, открыли и ввели в эксплуатацию новые нефтяные и газовые месторождения, построили первый в СССР дальний газопровод. За образцовое выполнение задания партии и правительства в условиях военного времени Я. М. Агарунов был награждён орденом Ленина. Министр нефтяной промышленности СССР Н. К. Байбаков назвал Я. Агарунова «одним из создателей отечественной нефтяной промышленности».
В 1947—1950 гг. — секретарь Бакинского горкома партии.
В 1963—1971 гг. — заместитель директора Всесоюзного научно-исследовательского института по технике безопасности нефтяной промышленности.
Неоднократно избирался членом ЦК КП(б) Азербайджана, депутатом Верховного Совета Азербайджанской ССР. Был делегатом многих партийных конференций и съездов, в том числе и делегатом XVIII съезда ВКП(б) (1939).
После ухода на пенсию продолжал заниматься общественной и публицистической деятельностью, был членом Комитета Революционной славы Республики.
Семья
Сын Михаил (1936—2023) — профессор, химик, специалист по генеалогии горских евреев[1].
Стоял у истоков еврейско-татской литературы. Используя поэтику фольклора, Агарунов пытался наполнить свои произведения актуальным, в духе официальной политики, общественным содержанием.
Возглавлял группу составителей татского алфавита на основе латиницы, принятого на Второй Всесоюзной конференции по культурному строительству среди горских евреев, созванной для решения вопроса татского алфавита (апрель 1929, Баку)[2].
Составил татско-русский и русско-татский словари на 8000 слов (опубликованы сыном).
Агарунов — автор мемуаров «Нефть и Победа» (Баку, 1991), «Большая судьба маленького народа» (М., 1995), «Как создавалась татская литература» (отрывки на еврейско-татском языке опубликованы в альманахе «Ватан советиму», 1974-77).
Известные произведения
Стихотворение «Ковтэр» («Голубь», 1920) — считается первым поэтическим произведением на татском языке.
Сатирическая комедия «Падшох, рабби ва-ошир» («Царь, раввин и богач»; 1920) — написана для любительской молодёжной труппы.
Пьеса «Тахзир кини» («Чья вина?», другое название «Слёзы радости»; 1928) — неоднократно ставилась на сценах горско-еврейского театра в Баку и Дербента.
Агарунов Я. М. Большая судьба маленького народа [О горских евреях (татах)] : (Воспоминания). — М.: Чоро, 1995. — 154 с. — 2000 экз. — ISBN 5-8497-0014-5.[3]
Агарунов Я. М. Героические свершения азербайджанских нефтяников в годы Великой Отечественной войны. — Баку: Азернешр, 1982. — 107 с. — 4000 экз.[4] || Нефть и победа : (Героич. свершения азерб. нефтяников в годы Великой Отеч. войны 1941-45 гг.). — Баку: Азернешр, 1991. — 166 с. — 5000 экз.[5]
Агарунов Я. М. Как создавалась татская литература // Ватан советиму. — 1974—1977. (отрывки; на еврейско-татском языке)
Агарунов Я. М., Агарунов М. Я. Большой словарь языка горских евреев - джуури: Книга I. Джуури-русский словарь; Книга II. Русско-джуури словарь. — Пятигорск: ПЕРО «Геула»; РИА-КМВ, 2010. — 660 с.[6]
Агарунов Я. М., Агарунов М. Я. Татско (еврейско)-русский словарь: Ок. 9000 слов. — М.: Еврейский университет в Москве, 1997. — 204 с.[6]
Орден Трудового Красного Знамени (27.04.1940) — «в ознаменование 20-й годовщины освобождения Азербайджана от ига капитализма и установления там советской власти, за успехи в развитии нефтяной промышленности, за достижения в области подъёма сельского хозяйства и образцовое выполнение строительства Самур-Дивичинского канала»