Клуб был основан 4 октября1930 года, а первым президентом клуба был избран Ставрос Питтас, который положил начало самому крупному спортивному обществу Кипра. Футбольная секция общества была официально признана в 1931 году, после первого матча АЕЛа, который завершился победой со счетом 6-1. АЕЛ также стал одним из восьми клубов-основателей Дивизиона А, первый сезон которого был проведен в 1934/35.
Свой первый титул чемпиона Кипра АЕЛ завоевал в 1941 году, победив в двухраундовой стадии плей-офф никосийскийАПОЭЛ со счетом 4-3. Но следующего чемпионского титула болельщикам лимасольского клуба пришлось ждать целых 13 лет, аж до 1953 года. Свой последний трофей АЕЛ завоевал аж в 1989 году, завоевав Кубок Кипра. Однако эта тенденция продлилась лишь до 2012 года, когда клуб выиграл Кубок страны, одолев в лимасольском дерби «Арис» со счетом 3-2 в дополнительное время.
После не слишком успешного финиша на 7 месте в чемпионате страны в 2011 году АЕЛ возглавил кипрский специалист Памбос Христодулу[англ.]. Благодаря ему клуб впервые с 1968 года стал чемпионом Кипра и пробился в Еврокубки, а сам Христодулу от болельщиков клуба получил прозвище «Памбуриньо», по аналогии с известным португальским тренером Жозе Моуринью.