Prima echipă pe care a antrenat-o Šundovski a fost RK Pelister, începând cu 2003, și cu care, în 2005, a câștigat campionatul și cupa Macedoniei. În 2006, Šundovski antrena nu doar echipa de juniori a țării sale, ci și pe cea de seniori, cu care s-a calificat în 2009 la Campionatul Mondial din Croația. În sezonul 2008/09, Šundovski a devenit antrenorul lui RK Metalurg Skopje, club cu care a câștigat campionatul în 2008 și a jucat în Liga Campionilor EHF, precum și în patru runde din Cupa Cupelor EHF.[4]
Începând din 23 ianuarie 2013, Šundovski nu mai este antrenorul naționalei masculine de handbal a Macedoniei. El a demisionat printr-o declarație de presă și un email oficial către Federația de Handbal a Macedoniei, în care își explica plecarea de funcție. Šundovski și-a asumat întreaga responsabilitate pentru lipsa de performanțe a Macedoniei la Campionatul Mondial din 2013, desfășurat în Spania.[5][6]